提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
全球经济增速急剧放缓******
世界银行发布最新一期《全球经济展望》报告指出,在通胀高企、利率上升、投资减少的背景下,全球经济增速正在急剧放缓,预计2023年全球增长将从6个月前预测的3%降至1.7%。
报告认为,增长急剧下滑将是一个普遍现象,95%的发达经济体、近70%的新兴市场和发展中经济体的2023年经济增长预测都较此前预测数据有所下调。在目前的经济形势下,任何新的不利因素都可能将全球经济推入衰退。如果出现这种情况,那将是80多年来首次在同一个10年期内连续发生两次全球衰退。
“随着全球经济前景恶化,各项危机也在加剧。”世界银行行长戴维·马尔帕斯认为,全球资本被那些政府债务水平极高且利率不断上升的发达经济体所吸纳。在这种情况下,新兴市场和发展中经济体受制于债务压力,可能在未来多年内增长乏力。同时,教育、卫生、减贫和基础设施等领域的发展成果已经遭到逆转,而经济增长和商业投资的疲软将会进一步加剧这一趋势,并使各国更难以应对与气候变化有关的各种需求。
报告预计,2023年发达经济体的经济增长速度将从2022年的2.5%降至0.5%。根据过去20年的经验,这种大幅下滑往往是全球衰退的先兆。
根据报告,预计2023年美国经济增速将降至0.5%,比之前的预测低1.9个百分点,这将是自1970年以来除官方认定的衰退期以外美国经济表现最差的一年。预计2023年欧元区经济零增长,比之前预测下调了1.9个百分点。预计2023年中国经济将增长4.3%,较之前的预测低0.9个百分点。除中国以外的新兴市场和发展中经济体的增长率预计将从2022年的3.8%降至2023年的2.7%,主要原因是外部需求大幅下滑。
报告预计,未来两年新兴市场和发展中经济体人均收入平均每年增长2.8%,这比2010年至2019年的平均水平低了整整1个百分点。在撒哈拉以南非洲地区,预计2023年至2024年人均收入年均增长率仅为1.2%,这可能导致贫困率有所上升。报告显示,到2024年底,新兴市场和发展中经济体的GDP水平将比新冠疫情前的预期水平低6%左右。尽管全球通胀将有所回落,但仍会高于疫情暴发前的水平。
这份报告首次对新兴市场和发展中经济体的中期投资增长前景进行了全面评估。在2022年至2024年期间,这些经济体的总投资年均增长预计约为3.5%,不到此前20年普遍增幅的一半。针对这一情况,报告专门为政策制定者提供了加快投资增长的一系列建议。
“投资低迷是一个值得关注的严重问题,因为它可能导致生产率难以提高、贸易表现疲软,从而削弱整体经济前景。没有强劲和持续的投资增长,就不可能实现广泛的发展。”世界银行预测局局长阿伊汗·高斯说,“各国促进投资增长的具体政策需要适应各自国情,但无论如何都要从建立健全财政货币政策框架以及开展全面的投资环境改革着手。”
报告显示,东亚与太平洋地区经济继2021年强劲反弹后,2022年增速明显放缓,预计全年增幅为3.2%,较之前的预测低1.2个百分点。2023年东亚与太平洋地区的经济增长率将稳步上升至4.3%。2022年,本地区通胀水平有所上升。尽管如此,与世界上其他地区相比,东亚与太平洋地区的价格压力普遍较小,重要原因之一是潜在增长率相对较高、复苏进程较慢导致本地区仍然存在负产出缺口。
报告还指出,目前影响东亚与太平洋地区经济发展的主要下行风险仍然存在,包括疫情可能再次扰乱经济、全球金融政策收紧幅度超出预期、全球经济增长放缓以及与气候变化相关的破坏性天气事件频繁发生等。如果乌克兰危机旷日持久、地缘政治不确定性继续加剧,则可能进一步损害全球商业信心和消费者信心,导致本地区出口增长放缓幅度超出预期。柬埔寨、马来西亚、蒙古国和越南等尤为依赖出口的经济体特别容易受到出口需求下滑的影响,本地区与气候变化相关的破坏性天气事件也正变得日益频繁。(周明阳)